<HTML><HEAD><META CONTENT="text/html; charset=UTF-8" HTTP-EQUIV="Content-Type"/><TITLE>EMMA Coverage Report</TITLE><STYLE TYPE="text/css"> TABLE,TD,TH {border-style:solid; border-color:black;} TD,TH {background:white;margin:0;line-height:100%;padding-left:0.5em;padding-right:0.5em;} TD {border-width:0 1px 0 0;} TH {border-width:1px 1px 1px 0;} TR TD.h {color:red;} TABLE {border-spacing:0; border-collapse:collapse;border-width:0 0 1px 1px;} P,H1,H2,H3,TH {font-family:verdana,arial,sans-serif;font-size:10pt;} TD {font-family:courier,monospace;font-size:10pt;} TABLE.hdft {border-spacing:0;border-collapse:collapse;border-style:none;} TABLE.hdft TH,TABLE.hdft TD {border-style:none;line-height:normal;} TABLE.hdft TH.tl,TABLE.hdft TD.tl {background:#6699CC;color:white;} TABLE.hdft TD.nv {background:#6633DD;color:white;} .nv A:link {color:white;} .nv A:visited {color:white;} .nv A:active {color:yellow;} TABLE.hdft A:link {color:white;} TABLE.hdft A:visited {color:white;} TABLE.hdft A:active 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HREF="#53">updateSpecimen (Specimen): void</A></TD><TD> </TD><TD>100% (1/1)</TD><TD>100% (85/85)</TD><TD>100% (16/16)</TD></TR><TR CLASS="o"><TD CLASS="f"><A HREF="#54">updateStatus (Status): void</A></TD><TD> </TD><TD>100% (1/1)</TD><TD>100% (26/26)</TD><TD>100% (7/7)</TD></TR><TR><TD CLASS="f"><A HREF="#55">updateUser (User): void</A></TD><TD> </TD><TD>100% (1/1)</TD><TD>100% (43/43)</TD><TD>100% (10/10)</TD></TR><TR CLASS="o"><TD CLASS="f"><A HREF="#56">updateUserType (UserType): void</A></TD><TD> </TD><TD>100% (1/1)</TD><TD>100% (26/26)</TD><TD>100% (7/7)</TD></TR></TABLE><P></P><TABLE CLASS="s" CELLSPACING="0" WIDTH="100%"><TR><TD CLASS="l">1</TD><TD>package jvm.jtacck.db;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">2</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">3</TD><TD>import java.sql.Connection;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">4</TD><TD>import java.sql.DriverManager;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">5</TD><TD>import java.sql.PreparedStatement;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">6</TD><TD>import java.sql.ResultSet;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">7</TD><TD>import java.sql.SQLException;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">8</TD><TD>import java.sql.Statement;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">9</TD><TD>import java.util.ArrayList;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">10</TD><TD>import java.util.Arrays;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">11</TD><TD>import java.util.Collection;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">12</TD><TD>import java.util.Collections;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">13</TD><TD>import java.util.HashSet;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">14</TD><TD>import java.util.List;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">15</TD><TD>import java.util.Set;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">16</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">17</TD><TD>import jvm.jtacck.db.records.*;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">18</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">19</TD><TD>/**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">20</TD><TD> * PostgresHandler represents a connection to a database containing the</TD></TR><TR><TD CLASS="l">21</TD><TD> * following schema:</TD></TR><TR><TD CLASS="l">22</TD><TD> * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">23</TD><TD> * hospital (hospital_id, name, address) client_site (client_id, name,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">24</TD><TD> * hospital_id, instructions, phone_number) user_type (type_id, name,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">25</TD><TD> * description) users (username, password, fname, lname, site_id, type_id)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">26</TD><TD> * courier (username, route, lat_loc, long_loc, nextDest) specimen (barcode,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">27</TD><TD> * description, requirements) item (item_id, name, cap_color) status (status_id,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">28</TD><TD> * name, description) contains (barcode, item_id) shipping_info (barcode,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">29</TD><TD> * shipper, destination_id, status_id integer, courier_id varchar(20))</TD></TR><TR><TD CLASS="l">30</TD><TD> * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">31</TD><TD> * PostgresHandler is an implementation of DatabaseHandler that is specific to</TD></TR><TR><TD CLASS="l">32</TD><TD> * using a PostgreSQL Database, as the database management system used for the</TD></TR><TR><TD CLASS="l">33</TD><TD> * jtacck tracking system.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">34</TD><TD> * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">35</TD><TD> * @author Chris Gamble</TD></TR><TR><TD CLASS="l">36</TD><TD> * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">37</TD><TD> */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">38</TD><TD>public class PostgresHandler implements DatabaseHandler {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">39</TD><TD>    Connection dbConn;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">40</TD><TD>    private String dbAddress;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">41</TD><TD>    private String user;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">42</TD><TD>    private String password;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">43</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">44</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">45</TD><TD>     * Constructs a new PostgresHandler. The username and password here are</TD></TR><TR><TD CLASS="l">46</TD><TD>     * separate from the Jtacck System.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">47</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">48</TD><TD>     * @param username</TD></TR><TR><TD CLASS="l">49</TD><TD>     *            : the username for the postgres database, this user name must</TD></TR><TR><TD CLASS="l">50</TD><TD>     *            have read/write/modify access to the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">51</TD><TD>     * @param password</TD></TR><TR><TD CLASS="l">52</TD><TD>     *            : the password for the username for the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="0">53</A></TD><TD>     * @param dbAddress</TD></TR><TR><TD CLASS="l">54</TD><TD>     *            : the server, port, and database name to access. Must be of</TD></TR><TR><TD CLASS="l">55</TD><TD>     *            the form &#34;&lt;&lt;server&gt;&gt;:&lt;&lt;port&gt;&gt;/&lt;&lt;databasename&gt;&gt;&#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">56</TD><TD>     */</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">57</TD><TD>    public PostgresHandler(String username, String password, String dbAddress)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">58</TD><TD>            throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">59</TD><TD>        this.user = username;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">60</TD><TD>        this.password = password;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">61</TD><TD>        this.dbAddress = dbAddress;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">62</TD><TD>        open();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">63</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">64</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">65</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">66</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">67</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="a">68</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#open()</TD></TR><TR><TD CLASS="l">69</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">70</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">71</TD><TD>    public void open() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">72</TD><TD>        if (dbConn == null) {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">73</TD><TD>            try {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">74</TD><TD>                Class.forName(&#34;org.postgresql.Driver&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">75</TD><TD>                dbConn = DriverManager.getConnection(&#34;jdbc:postgresql://&#34;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">76</TD><TD>                        + dbAddress, user, password);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">77</TD><TD>            } catch (Exception e) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">78</TD><TD>                throw new SQLException(&#34;Postgres Database Driver Not Found&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">79</TD><TD>            }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">80</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">81</TD><TD>        if (dbConn.isClosed()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">82</TD><TD>            dbConn = DriverManager.getConnection(&#34;jdbc:postgresql://&#34;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">83</TD><TD>                    + dbAddress, user, password);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">84</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">85</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">86</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">87</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">88</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">89</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="24">90</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#close()</TD></TR><TR><TD CLASS="l">91</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">92</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">93</TD><TD>    public void close() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">94</TD><TD>        if (!isClosed()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">95</TD><TD>            dbConn.close();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">96</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">97</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">98</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">99</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">100</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">101</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="4a">102</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#isClosed()</TD></TR><TR><TD CLASS="l">103</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">104</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">105</TD><TD>    public boolean isClosed() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">106</TD><TD>        return dbConn.isClosed();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">107</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">108</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">109</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">110</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">111</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="1e">112</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#addRecord(records.Record)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">113</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">114</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">115</TD><TD>    public void addRecord(Record r) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">116</TD><TD>        if (r instanceof ClientSite) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">117</TD><TD>            addClientSite((ClientSite) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">118</TD><TD>        } else if (r instanceof Courier) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">119</TD><TD>            addCourier((Courier) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">120</TD><TD>        } else if (r instanceof Hospital) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">121</TD><TD>            addHospital((Hospital) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">122</TD><TD>        } else if (r instanceof ShippingInformation) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">123</TD><TD>            addShippingInformation((ShippingInformation) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">124</TD><TD>        } else if (r instanceof Specimen) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">125</TD><TD>            addSpecimen((Specimen) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">126</TD><TD>        } else if (r instanceof Status) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">127</TD><TD>            addStatus((Status) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">128</TD><TD>        } else if (r instanceof User) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">129</TD><TD>            addUser((User) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">130</TD><TD>        } else if (r instanceof UserType) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">131</TD><TD>            addUserType((UserType) r);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">132</TD><TD>        } else {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">133</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Illegal Type of Record&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">134</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">135</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">136</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">137</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">138</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">139</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="23">140</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#changeRecord(records.Record)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">141</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">142</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">143</TD><TD>    public void changeRecord(Record r) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">144</TD><TD>        if (r instanceof CheckListPair) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">145</TD><TD>            updateCheckListPair((CheckListPair) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">146</TD><TD>        } else if (r instanceof ClientSite) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">147</TD><TD>            updateClientSite((ClientSite) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">148</TD><TD>        } else if (r instanceof Courier) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">149</TD><TD>            updateCourier((Courier) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">150</TD><TD>        } else if (r instanceof Hospital) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">151</TD><TD>            updateHospital((Hospital) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">152</TD><TD>        } else if (r instanceof ShippingInformation) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">153</TD><TD>            updateShippingInformation((ShippingInformation) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">154</TD><TD>        } else if (r instanceof Specimen) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">155</TD><TD>            updateSpecimen((Specimen) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">156</TD><TD>        } else if (r instanceof Status) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">157</TD><TD>            updateStatus((Status) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">158</TD><TD>        } else if (r instanceof User) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">159</TD><TD>            updateUser((User) r);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">160</TD><TD>        } else if (r instanceof UserType) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">161</TD><TD>            updateUserType((UserType) r);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">162</TD><TD>        } else {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">163</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Illegal Type of Record&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">164</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">165</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">166</TD><TD>    </TD></TR><TR><TD CLASS="l">167</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">168</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="4">169</A></TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">170</TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#changeRecord(records.Record)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">171</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">172</TD><TD>    public void removeRecord(Record r) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">173</TD><TD>        if (r instanceof ClientSite) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">174</TD><TD>            removeClientSite(((ClientSite) r).client_id);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">175</TD><TD>        } else if (r instanceof Courier) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">176</TD><TD>            removeCourier(((Courier) r).user.username);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">177</TD><TD>        } else if (r instanceof Hospital) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">178</TD><TD>            removeHospital(((Hospital) r).hospital_id);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">179</TD><TD>        } else if (r instanceof ShippingInformation) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">180</TD><TD>            removeShippingInformation(((ShippingInformation) r).specimen.barcode);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">181</TD><TD>        } else if (r instanceof Specimen) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">182</TD><TD>            removeSpecimen(((Specimen) r).barcode);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">183</TD><TD>        } else if (r instanceof Status) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">184</TD><TD>            removeStatus(((Status) r).status_id);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">185</TD><TD>        } else if (r instanceof User) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">186</TD><TD>            removeUser(((User) r).username);</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">187</TD><TD>        } else if (r instanceof UserType) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">188</TD><TD>            removeUserType(((UserType) r).type_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">189</TD><TD>        } else {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">190</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Illegal Type of Record&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">191</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">192</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">193</TD><TD>    </TD></TR><TR><TD CLASS="l">194</TD><TD>    /*</TD></TR><TR><TD CLASS="l">195</TD><TD>     * (non-Javadoc)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">196</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="47">197</A></TD><TD>     * @see database.DatabaseHandler#getUsersOf(int)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">198</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">199</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">200</TD><TD>    public List&lt;User&gt; getUsersOf(ClientSite cs) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">201</TD><TD>        return getUsersOfSite(cs);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">202</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="17">203</A></TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">204</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD 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NAME="36">340</A></TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">341</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">342</TD><TD>    @Override</TD></TR><TR><TD CLASS="l">343</TD><TD>    public List&lt;User&gt; getAllUsers() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">344</TD><TD>        return getAllUsersHelper();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">345</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">346</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">347</TD><TD>    // ///////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">348</TD><TD>    // PRIVATE METHODS //</TD></TR><TR><TD CLASS="l">349</TD><TD>    // ///////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">350</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">351</TD><TD>    // /////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">352</TD><TD>    // ADDER METHODS //</TD></TR><TR><TD CLASS="l">353</TD><TD>    // /////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">354</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">355</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">356</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">357</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="1b">358</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">359</TD><TD>     *            The ClientSite to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">360</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">361</TD><TD>    private void addClientSite(ClientSite cs) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">362</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO client_site VALUES ( DEFAULT, ?, ?, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">363</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">364</TD><TD>        ps.setString(1, cs.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">365</TD><TD>        ps.setInt(2, cs.hospital.hospital_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">366</TD><TD>        ps.setArray(3, dbConn.createArrayOf(&#34;text&#34;, cs.instructions.toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">367</TD><TD>        ps.setString(4, cs.phone_number);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">368</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">369</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">370</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">371</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">372</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">373</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="12">374</A></TD><TD>     * @param c</TD></TR><TR><TD CLASS="l">375</TD><TD>     *            The Courier to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">376</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">377</TD><TD>    private void addCourier(Courier c) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">378</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO courier VALUES ( ?, ?, ?, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">379</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">380</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">381</TD><TD>        ps.setString(1, c.user.username);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">382</TD><TD>        List&lt;Integer&gt; x = new ArrayList&lt;Integer&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">383</TD><TD>        for (ClientSite cs : c.route) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">384</TD><TD>            x.add(cs.client_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">385</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">386</TD><TD>        ps.setArray(2, dbConn.createArrayOf(&#34;int&#34;, x.toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">387</TD><TD>        ps.setDouble(3, c.latitude);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">388</TD><TD>        ps.setDouble(4, c.longitude);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">389</TD><TD>        if (c.nextDest != null) {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">390</TD><TD>            ps.setInt(5, c.nextDest.client_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">391</TD><TD>        } else</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">392</TD><TD>            ps.setObject(5, null);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">393</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">394</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">395</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">396</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">397</TD><TD>     * Helper function to speak to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">398</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="1c">399</A></TD><TD>     * @param h</TD></TR><TR><TD CLASS="l">400</TD><TD>     *            The Hospital to be added to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">401</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">402</TD><TD>    private void addHospital(Hospital h) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">403</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO hospital VALUES ( DEFAULT, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">404</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify,</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">405</TD><TD>                Statement.RETURN_GENERATED_KEYS);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">406</TD><TD>        ps.setString(1, h.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">407</TD><TD>        ps.setString(2, h.address);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">408</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">409</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">410</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">411</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">412</TD><TD>     * Helper function to speak to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">413</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="1d">414</A></TD><TD>     * @param h</TD></TR><TR><TD CLASS="l">415</TD><TD>     *            The Hospital to be added to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">416</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">417</TD><TD>    private void addItemToBarcode(Item i, String barcode) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">418</TD><TD>        String modifyItem = &#34;INSERT INTO item VALUES ( DEFAULT, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">419</TD><TD>        String modifyContains = &#34;INSERT INTO contains VALUES ( ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">420</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">421</TD><TD>        PreparedStatement psItem;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">422</TD><TD>        PreparedStatement psContains;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">423</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">424</TD><TD>        psItem = dbConn.prepareStatement(modifyItem,</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">425</TD><TD>                Statement.RETURN_GENERATED_KEYS);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">426</TD><TD>        psContains = dbConn.prepareStatement(modifyContains);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">427</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">428</TD><TD>        psItem.clearParameters();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">429</TD><TD>        psItem.setString(1, i.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">430</TD><TD>        psItem.setString(2, i.capColor);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">431</TD><TD>        psItem.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">432</TD><TD>        ResultSet rs = psItem.getGeneratedKeys();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">433</TD><TD>        rs.next();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">434</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">435</TD><TD>        psContains.clearParameters();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">436</TD><TD>        psContains.setString(1, barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">437</TD><TD>        psContains.setInt(2, rs.getInt(1));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">438</TD><TD>        psContains.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">439</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">440</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">441</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">442</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">443</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">444</TD><TD>     * @param si</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="1f">445</A></TD><TD>     *            The ShippingInformation to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">446</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">447</TD><TD>    private void addShippingInformation(ShippingInformation si)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">448</TD><TD>            throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">449</TD><TD>        addSpecimen(si.specimen);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">450</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">451</TD><TD>        String modifyShippingInfo = &#34;INSERT INTO shipping_info VALUES ( ?, ?, ?, ?, ?)&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">452</TD><TD>        PreparedStatement psShipInfo;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">453</TD><TD>        psShipInfo = dbConn.prepareStatement(modifyShippingInfo);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">454</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">455</TD><TD>        psShipInfo.setString(1, si.specimen.barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">456</TD><TD>        psShipInfo.setString(2, si.shipper.username);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">457</TD><TD>        psShipInfo.setInt(3, si.destination.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">458</TD><TD>        psShipInfo.setInt(4, si.status.status_id); // HARD CODE THIS???</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">459</TD><TD>        String cour = (si.courier == null) ? null : si.courier.user.username;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">460</TD><TD>        psShipInfo.setString(5, cour);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">461</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">462</TD><TD>        try {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">463</TD><TD>            psShipInfo.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">464</TD><TD>        } catch (SQLException e) {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">465</TD><TD>            // If there is a SQL Error, remove the specimen added</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">466</TD><TD>            removeSpecimen(si.specimen.barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">467</TD><TD>            throw e;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">468</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">469</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">470</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">471</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">472</TD><TD>     * Adds the given Specimen and all of the items in the Specimen to the </TD></TR><TR><TD CLASS="l">473</TD><TD>     * database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">474</TD><TD>     * @param sp</TD></TR><TR><TD CLASS="l">475</TD><TD>     *          The Specimen to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="11">476</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">477</TD><TD>     *          If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">478</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">479</TD><TD>    private void addSpecimen(Specimen sp) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">480</TD><TD>        String modifySpecimen = &#34;INSERT INTO specimen VALUES ( ?, ?, ?)&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">481</TD><TD>        PreparedStatement psSpec;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">482</TD><TD>        psSpec = dbConn.prepareStatement(modifySpecimen);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">483</TD><TD>        psSpec.setString(1, sp.barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">484</TD><TD>        psSpec.setString(2, sp.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">485</TD><TD>        psSpec.setString(3, sp.requirements);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">486</TD><TD>        psSpec.executeUpdate();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">487</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">488</TD><TD>        Collection&lt;Item&gt; temp = sp.contents;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">489</TD><TD>        try {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">490</TD><TD>            for (Item i : temp) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">491</TD><TD>                addItemToBarcode(i, sp.barcode);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">492</TD><TD>            }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">493</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">494</TD><TD>        } catch (SQLException e) {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">495</TD><TD>            // If there is a SQL Error, remove the specimen added</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">496</TD><TD>            removeSpecimen(sp.barcode);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">497</TD><TD>        }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">498</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">499</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">500</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">501</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">502</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">503</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="20">504</A></TD><TD>     * @param s</TD></TR><TR><TD CLASS="l">505</TD><TD>     *            The Status to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">506</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">507</TD><TD>    private void addStatus(Status s) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">508</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO status VALUES ( DEFAULT, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">509</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">510</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">511</TD><TD>        ps.setString(1, s.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">512</TD><TD>        ps.setString(2, s.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">513</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">514</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">515</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">516</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">517</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">518</TD><TD>     * Helper function to speak to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">519</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="21">520</A></TD><TD>     * @param u</TD></TR><TR><TD CLASS="l">521</TD><TD>     *            The User to be added to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">522</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">523</TD><TD>    private void addUser(User u) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">524</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO users VALUES ( ?, ?, ?, ?, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">525</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">526</TD><TD>        ps.setString(1, u.username);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">527</TD><TD>        ps.setString(2, u.password);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">528</TD><TD>        ps.setString(3, u.fname);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">529</TD><TD>        ps.setString(4, u.lname);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">530</TD><TD>        ps.setInt(5, u.site.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">531</TD><TD>        ps.setInt(6, u.type.type_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">532</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">533</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">534</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">535</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">536</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">537</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="22">538</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">539</TD><TD>     *            The ClientSite to add to the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">540</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">541</TD><TD>    private void addUserType(UserType ut) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">542</TD><TD>        String modify = &#34;INSERT INTO user_type VALUES ( DEFAULT, ?, ?);&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">543</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">544</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">545</TD><TD>        ps.setString(1, ut.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">546</TD><TD>        ps.setString(2, ut.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">547</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">548</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">549</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">550</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">551</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">552</TD><TD>    // Update Methods //</TD></TR><TR><TD CLASS="l">553</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">554</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">555</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">556</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">557</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="4f">558</A></TD><TD>     * @param clp</TD></TR><TR><TD CLASS="l">559</TD><TD>     *            The CheckListPair to Insert into the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">560</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">561</TD><TD>    private void updateCheckListPair(CheckListPair clp) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">562</TD><TD>        String query = &#34;UPDATE checklist &#34; + &#34;SET starting = ?, ending = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">563</TD><TD>                + &#34;WHERE checklist_id = 1;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">564</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">565</TD><TD>        ps</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">566</TD><TD>                .setArray(1, dbConn.createArrayOf(&#34;text&#34;, clp.startingList</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">567</TD><TD>                        .toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">568</TD><TD>        ps.setArray(2, dbConn.createArrayOf(&#34;text&#34;, clp.endingList.toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">569</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">570</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">571</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">572</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">573</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">574</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="50">575</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">576</TD><TD>     *            The ClientSite to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">577</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">578</TD><TD>    private void updateClientSite(ClientSite cs) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">579</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE client_site &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">580</TD><TD>                + &#34;SET name = ?, hospital_id = ?, instructions = ?, &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">581</TD><TD>                + &#34;phone_number = ? &#34; + &#34;WHERE client_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">582</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">583</TD><TD>        ps.setString(1, cs.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">584</TD><TD>        ps.setInt(2, cs.hospital.hospital_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">585</TD><TD>        ps.setArray(3, dbConn.createArrayOf(&#34;text&#34;, cs.instructions.toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">586</TD><TD>        ps.setString(4, cs.phone_number);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">587</TD><TD>        ps.setInt(5, cs.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">588</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">589</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">590</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">591</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">592</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">593</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="19">594</A></TD><TD>     * @param c</TD></TR><TR><TD CLASS="l">595</TD><TD>     *            The Courier to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">596</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">597</TD><TD>    private void updateCourier(Courier c) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">598</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE courier &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">599</TD><TD>                + &#34;SET route = ?, lat_loc = ?, long_loc = ?, next_destination = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">600</TD><TD>                + &#34;WHERE username = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">601</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">602</TD><TD>        List&lt;Integer&gt; x = new ArrayList&lt;Integer&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">603</TD><TD>        for (ClientSite cs : c.route) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">604</TD><TD>            x.add(cs.client_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">605</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">606</TD><TD>        ps.setArray(1, dbConn.createArrayOf(&#34;int&#34;, x.toArray()));</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">607</TD><TD>        ps.setDouble(2, c.latitude);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">608</TD><TD>        ps.setDouble(3, c.longitude);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">609</TD><TD>        if (c.nextDest != null) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">610</TD><TD>            ps.setInt(4, c.nextDest.client_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">611</TD><TD>        } else</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">612</TD><TD>            ps.setObject(5, null);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">613</TD><TD>        ps.setString(5, c.user.username);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">614</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">615</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">616</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">617</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">618</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">619</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">620</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="51">621</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">622</TD><TD>     *            The Hospital to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">623</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">624</TD><TD>    private void updateHospital(Hospital h) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">625</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE hospital &#34; + &#34;SET name = ?, address = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">626</TD><TD>                + &#34;WHERE hospital_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">627</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">628</TD><TD>        ps.setString(1, h.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">629</TD><TD>        ps.setString(2, h.address);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">630</TD><TD>        ps.setInt(3, h.hospital_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">631</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">632</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">633</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">634</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">635</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">636</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="52">637</A></TD><TD>     * @param is</TD></TR><TR><TD CLASS="l">638</TD><TD>     *            The Item to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">639</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">640</TD><TD>    private void updateItem(Item i) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">641</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE item &#34; + &#34;SET name = ?, cap_color = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">642</TD><TD>                + &#34;WHERE item_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">643</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">644</TD><TD>        ps.setString(1, i.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">645</TD><TD>        ps.setString(2, i.capColor);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">646</TD><TD>        ps.setInt(3, i.item_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">647</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">648</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">649</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">650</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">651</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">652</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">653</TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="9">654</A></TD><TD>     *            The Item to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">655</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">656</TD><TD>    private void updateShippingInformation(ShippingInformation si)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">657</TD><TD>            throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">658</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE shipping_info &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">659</TD><TD>                + &#34;SET shipper = ?, destination_id = ?, status_id = ?, &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">660</TD><TD>                + &#34;courier_id = ?&#34; + &#34;WHERE barcode = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">661</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">662</TD><TD>        ps.setString(1, si.shipper.username);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">663</TD><TD>        ps.setInt(2, si.destination.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">664</TD><TD>        ps.setInt(3, si.status.status_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">665</TD><TD>        if (si.courier == null) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">666</TD><TD>            ps.setNull(4, java.sql.Types.VARCHAR);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">667</TD><TD>        }else {</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">668</TD><TD>            ps.setString(4, si.courier.user.username);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">669</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">670</TD><TD>        ps.setString(5, si.specimen.barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">671</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">672</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">673</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">674</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">675</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">676</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="53">677</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">678</TD><TD>     *            The ClientSite to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">679</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">680</TD><TD>    private void updateSpecimen(Specimen sp) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">681</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE specimen &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">682</TD><TD>                + &#34;SET description = ?, requirements = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">683</TD><TD>                + &#34;WHERE barcode = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">684</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">685</TD><TD>        ps.setString(1, sp.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">686</TD><TD>        ps.setString(2, sp.requirements);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">687</TD><TD>        ps.setString(3, sp.barcode);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">688</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">689</TD><TD>        Specimen old = getSpecimen(sp.barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">690</TD><TD>        Collection&lt;Item&gt; keepThese = intersection(old.contents, sp.contents);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">691</TD><TD>        Collection&lt;Item&gt; changeThese = difference(old.contents, sp.contents);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">692</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">693</TD><TD>        for (Item i : changeThese) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">694</TD><TD>            if (old.contents.contains(i)) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">695</TD><TD>                removeItem(i.item_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">696</TD><TD>            } else {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">697</TD><TD>                addItemToBarcode(i, sp.barcode);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">698</TD><TD>            }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">699</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">700</TD><TD>        for (Item i : keepThese) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">701</TD><TD>            updateItem(i);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">702</TD><TD>        }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">703</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">704</TD><TD>        // Barcode will stay the same, so dont update the rest until everything</TD></TR><TR><TD CLASS="l">705</TD><TD>        // else has been updated</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">706</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">707</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">708</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">709</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">710</TD><TD>     * Returns the intersection of the two Collections where equality is based</TD></TR><TR><TD CLASS="l">711</TD><TD>     * solely on Item.item_id == other, not Item.equals(other).</TD></TR><TR><TD CLASS="l">712</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">713</TD><TD>     * @param oldColl</TD></TR><TR><TD CLASS="l">714</TD><TD>     *            A Collection to intersect with.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">715</TD><TD>     * @param newColl</TD></TR><TR><TD CLASS="l">716</TD><TD>     *            A Collection to intersect with.</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="49">717</A></TD><TD>     * @return A new Collection of the intersection of the two given Collections</TD></TR><TR><TD CLASS="l">718</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">719</TD><TD>    private Collection&lt;Item&gt; intersection(Collection&lt;Item&gt; oldColl,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">720</TD><TD>            Collection&lt;Item&gt; newColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">721</TD><TD>        Set&lt;Item&gt; ret = new HashSet&lt;Item&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">722</TD><TD>        for (Item i : oldColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">723</TD><TD>            for (Item j : newColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">724</TD><TD>                if (i.item_id == j.item_id) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">725</TD><TD>                    ret.add(j);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">726</TD><TD>                }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">727</TD><TD>            }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">728</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">729</TD><TD>        return ret;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">730</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">731</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">732</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">733</TD><TD>     * Returns the difference of the two collections where equality is based</TD></TR><TR><TD CLASS="l">734</TD><TD>     * solely on Item.item_id == other, not Item.equals(other)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">735</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">736</TD><TD>     * @param oldColl</TD></TR><TR><TD CLASS="l">737</TD><TD>     *            A Collection of Items to find the difference</TD></TR><TR><TD CLASS="l">738</TD><TD>     * @param newColl</TD></TR><TR><TD CLASS="l">739</TD><TD>     *            A Collection of Items to find the difference</TD></TR><TR><TD CLASS="l">740</TD><TD>     * @return A new Collection of Items containing the difference of the two</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="25">741</A></TD><TD>     *         given Collections</TD></TR><TR><TD CLASS="l">742</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">743</TD><TD>    private Collection&lt;Item&gt; difference(Collection&lt;Item&gt; oldColl,</TD></TR><TR><TD CLASS="l">744</TD><TD>            Collection&lt;Item&gt; newColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">745</TD><TD>        Set&lt;Item&gt; ret = new HashSet&lt;Item&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">746</TD><TD>        Set&lt;Item&gt; temp = new HashSet&lt;Item&gt;(newColl);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">747</TD><TD>        for (Item i : oldColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">748</TD><TD>            boolean mark = false;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">749</TD><TD>            for (Item j : newColl) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">750</TD><TD>                if (i.item_id == j.item_id) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">751</TD><TD>                    mark = true;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">752</TD><TD>                    temp.remove(j);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">753</TD><TD>                    break;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">754</TD><TD>                }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">755</TD><TD>            }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">756</TD><TD>            if (!mark)</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">757</TD><TD>                ret.add(i);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">758</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">759</TD><TD>        ret.addAll(temp);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">760</TD><TD>        return ret;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">761</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">762</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">763</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">764</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">765</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="54">766</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">767</TD><TD>     *            The ClientSite to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">768</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">769</TD><TD>    private void updateStatus(Status s) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">770</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE status &#34; + &#34;SET name = ?, description = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">771</TD><TD>                + &#34;WHERE status_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">772</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">773</TD><TD>        ps.setString(1, s.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">774</TD><TD>        ps.setString(2, s.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">775</TD><TD>        ps.setInt(3, s.status_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">776</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">777</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">778</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">779</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">780</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">781</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="55">782</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">783</TD><TD>     *            The ClientSite to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">784</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">785</TD><TD>    private void updateUser(User u) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">786</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE users &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">787</TD><TD>                + &#34;SET password = ?, fname = ?, lname = ?, &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">788</TD><TD>                + &#34;site_id = ?, type_id = ? &#34; + &#34;WHERE username = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">789</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">790</TD><TD>        ps.setString(1, u.password);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">791</TD><TD>        ps.setString(2, u.fname);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">792</TD><TD>        ps.setString(3, u.lname);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">793</TD><TD>        ps.setInt(4, u.site.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">794</TD><TD>        ps.setInt(5, u.type.type_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">795</TD><TD>        ps.setString(6, u.username);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">796</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">797</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">798</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">799</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">800</TD><TD>     * Helper function to communicate with database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">801</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="56">802</A></TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">803</TD><TD>     *            The ClientSite to update in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">804</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">805</TD><TD>    private void updateUserType(UserType ut) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">806</TD><TD>        String modify = &#34;UPDATE user_type &#34; + &#34;SET name = ?, description = ? &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">807</TD><TD>                + &#34;WHERE type_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">808</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(modify);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">809</TD><TD>        ps.setString(1, ut.name);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">810</TD><TD>        ps.setString(2, ut.description);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">811</TD><TD>        ps.setInt(3, ut.type_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">812</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">813</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">814</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">815</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">816</TD><TD>    // Getter Methods //</TD></TR><TR><TD CLASS="l">817</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">818</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">819</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">820</TD><TD>     * Returns a list of Users who are in the database as being a part of </TD></TR><TR><TD CLASS="l">821</TD><TD>     * the given ClientSite</TD></TR><TR><TD CLASS="l">822</TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">823</TD><TD>     *          The ClientSite from which to query the users of.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">824</TD><TD>     * @return A List of Users from cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="48">825</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">826</TD><TD>     *          If a database error occurs.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">827</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">828</TD><TD>    private List&lt;User&gt; getUsersOfSite(ClientSite cs) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">829</TD><TD>        String query = &#34;SELECT username FROM users WHERE site_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">830</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">831</TD><TD>        ps.setInt(1, cs.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">832</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">833</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">834</TD><TD>        List&lt;User&gt; list = new ArrayList&lt;User&gt;();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">835</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">836</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">837</TD><TD>            list.add(getUser(rs.getString(1)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">838</TD><TD>        }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">839</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">840</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">841</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">842</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">843</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">844</TD><TD>     * Returns a list of ShippingInformation whose specimens either shipped to</TD></TR><TR><TD CLASS="l">845</TD><TD>     * or from the given ClientSite based on the given boolean.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">846</TD><TD>     * @param cs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">847</TD><TD>     *          The ClientSite referenced for the ShippingInformation</TD></TR><TR><TD CLASS="l">848</TD><TD>     * @param to</TD></TR><TR><TD CLASS="l">849</TD><TD>     *          A boolean that when true indicates to get ShippingInformation</TD></TR><TR><TD CLASS="l">850</TD><TD>     *          where the destination is cs, and false indicates to get </TD></TR><TR><TD CLASS="l">851</TD><TD>     *          ShippingInformation where the shipper is from cs.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">852</TD><TD>     * @return</TD></TR><TR><TD CLASS="l">853</TD><TD>     *          A List of ShippingInformation, in no particular order.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">854</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">855</TD><TD>     *          If a database error occurs.</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="42">856</A></TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">857</TD><TD>    private List&lt;ShippingInformation&gt; getSpecimens(ClientSite cs, boolean to)</TD></TR><TR><TD CLASS="l">858</TD><TD>            throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">859</TD><TD>        String query;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">860</TD><TD>        if (to) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">861</TD><TD>            query = &#34;SELECT barcode &#34; + &#34;FROM shipping_info &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">862</TD><TD>                    + &#34;WHERE destination_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">863</TD><TD>        } else {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">864</TD><TD>            query = &#34;SELECT barcode &#34; + &#34;FROM shipping_info s, users u &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">865</TD><TD>                    + &#34;WHERE s.shipper = u.username AND u.site_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">866</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">867</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">868</TD><TD>        ps.setInt(1, cs.client_id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">869</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">870</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">871</TD><TD>        List&lt;ShippingInformation&gt; list = new ArrayList&lt;ShippingInformation&gt;();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">872</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">873</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">874</TD><TD>            list.add(getShippingInfo(rs.getString(1)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">875</TD><TD>        }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">876</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">877</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">878</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">879</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">880</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">881</TD><TD>     * Gets the checklist stored in the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">882</TD><TD>     * @return the CheckListPair stored in the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="b">883</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">884</TD><TD>     *          If a database error occurs.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">885</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">886</TD><TD>    private CheckListPair getChecklists() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">887</TD><TD>        String getChecklist = &#34;SELECT * FROM checklist WHERE checklist_id = 1;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">888</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">889</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getChecklist);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">890</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">891</TD><TD>        CheckListPair clp = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">892</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">893</TD><TD>            clp = new CheckListPair(Arrays.asList((String[]) record.getArray(</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">894</TD><TD>                    &#34;starting&#34;).getArray()), Arrays.asList((String[]) record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">895</TD><TD>                    .getArray(&#34;ending&#34;).getArray()));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">896</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">897</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">898</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">899</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">900</TD><TD>        return clp;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">901</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">902</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">903</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">904</TD><TD>     * Gets the ClientSite where client_id = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">905</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">906</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">907</TD><TD>     *            The unique id of a certain ClientSite</TD></TR><TR><TD CLASS="l">908</TD><TD>     * @return The ClientSite with client_id as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="14">909</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">910</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">911</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">912</TD><TD>    private ClientSite getClientSite(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">913</TD><TD>        String getClient = &#34;SELECT * FROM client_site WHERE client_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">914</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">915</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getClient);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">916</TD><TD>        ps.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">917</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">918</TD><TD>        ClientSite cs = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">919</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">920</TD><TD>            cs = new ClientSite(record.getInt(&#34;client_id&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">921</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), getHospital(record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">922</TD><TD>                    .getInt(&#34;hospital_id&#34;)), Arrays.asList((String[]) record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">923</TD><TD>                    .getArray(&#34;instructions&#34;).getArray()), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">924</TD><TD>                    .getString(&#34;phone_number&#34;));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">925</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">926</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">927</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">928</TD><TD>        return cs;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">929</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">930</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">931</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">932</TD><TD>     * Gets the Courier where Courier.user.barcode = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">933</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">934</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">935</TD><TD>     *            The unique id of a certain Courier</TD></TR><TR><TD CLASS="l">936</TD><TD>     * @return The Courier with username as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="18">937</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">938</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">939</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">940</TD><TD>    private Courier getCourier(String id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">941</TD><TD>        String getCour = &#34;SELECT * FROM courier WHERE username = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">942</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">943</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getCour);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">944</TD><TD>        ps.setString(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">945</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">946</TD><TD>        Courier cour = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">947</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">948</TD><TD>            List&lt;ClientSite&gt; temp = new ArrayList&lt;ClientSite&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">949</TD><TD>            Integer[] array = (Integer[]) record.getArray(&#34;route&#34;).getArray();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">950</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">951</TD><TD>            for (int cid : array) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">952</TD><TD>                temp.add(getClientSite(cid));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">953</TD><TD>            }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">954</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">955</TD><TD>            cour = new Courier(getUser(record.getString(&#34;username&#34;)), temp,</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">956</TD><TD>                    record.getDouble(&#34;lat_loc&#34;), record.getDouble(&#34;long_loc&#34;),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">957</TD><TD>                    getClientSite(record.getInt(&#34;next_destination&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">958</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">959</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">960</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">961</TD><TD>        return cour;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">962</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">963</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">964</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">965</TD><TD>     * Gets the Hospital where hospital_id = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">966</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">967</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">968</TD><TD>     *            The unique id of a certain hospital</TD></TR><TR><TD CLASS="l">969</TD><TD>     *            </TD></TR><TR><TD CLASS="l">970</TD><TD>     * @return The Hospital with hospital_id as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="c">971</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">972</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">973</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">974</TD><TD>    private Hospital getHospital(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">975</TD><TD>        String getHosp = &#34;SELECT * FROM hospital WHERE hospital_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">976</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">977</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getHosp);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">978</TD><TD>        ps.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">979</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">980</TD><TD>        Hospital h = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">981</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">982</TD><TD>            h = new Hospital(record.getInt(&#34;hospital_id&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">983</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), record.getString(&#34;address&#34;));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">984</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">985</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">986</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">987</TD><TD>        return h;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">988</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">989</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">990</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">991</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">992</TD><TD>     * Gets the Item where item_id = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">993</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">994</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">995</TD><TD>     *            The unique id of a certain Item</TD></TR><TR><TD CLASS="l">996</TD><TD>     * @return The Item with item_id as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="d">997</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">998</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">999</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1000</TD><TD>    private Item getItem(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1001</TD><TD>        String getItem = &#34;SELECT * FROM item WHERE item_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1002</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1003</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getItem);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1004</TD><TD>        ps.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1005</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1006</TD><TD>        Item item = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1007</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1008</TD><TD>            item = new Item(record.getInt(&#34;item_id&#34;), record.getString(&#34;name&#34;),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1009</TD><TD>                    record.getString(&#34;cap_color&#34;));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1010</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1011</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1012</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1013</TD><TD>        return item;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1014</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1015</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1016</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1017</TD><TD>     * Gets the ShippingInformation where ShippingInformation.Specimen.barcode =</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1018</TD><TD>     * id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1019</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1020</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1021</TD><TD>     *            The unique id of a certain Specimen</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1022</TD><TD>     * @return The ShippingInformation with barcode as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="16">1023</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1024</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1025</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1026</TD><TD>    private ShippingInformation getShippingInfo(String id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1027</TD><TD>        String getShipInfo = &#34;SELECT * FROM shipping_info WHERE barcode = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1028</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1029</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getShipInfo);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1030</TD><TD>        ps.setString(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1031</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1032</TD><TD>        ShippingInformation si = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1033</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1034</TD><TD>            si = new ShippingInformation(getSpecimen(record.getString(&#34;barcode&#34;)),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1035</TD><TD>                    getUser(record.getString(&#34;shipper&#34;)), getClientSite(record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1036</TD><TD>                            .getInt(&#34;destination_id&#34;)), getStatus(record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1037</TD><TD>                            .getInt(&#34;status_id&#34;)), getCourier(record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1038</TD><TD>                            .getString(&#34;courier_id&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1039</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1040</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1041</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1042</TD><TD>        return si;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1043</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1044</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1045</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1046</TD><TD>     * Gets the Specimen barcode = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1047</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1048</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1049</TD><TD>     *            The unique id of a certain Specimen</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1050</TD><TD>     * @return The Specimen with barcode as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="13">1051</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1052</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1053</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1054</TD><TD>    private Specimen getSpecimen(String id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1055</TD><TD>        String getSpec = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM specimen s &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1056</TD><TD>                + &#34;WHERE s.barcode = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1057</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1058</TD><TD>        ResultSet specRec;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1059</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1060</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getSpec);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1061</TD><TD>        ps.setString(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1062</TD><TD>        specRec = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1063</TD><TD>        Specimen spec = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1064</TD><TD>        if (specRec.next()) {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1065</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1066</TD><TD>            String barcode = specRec.getString(&#34;barcode&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1067</TD><TD>            String description = specRec.getString(&#34;description&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1068</TD><TD>            String requirements = specRec.getString(&#34;requirements&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1069</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1070</TD><TD>            spec = new Specimen(barcode, description, requirements, Collections</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1071</TD><TD>                    .unmodifiableList(getContents(barcode)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1072</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1073</TD><TD>        if (specRec.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1074</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1075</TD><TD>        return spec;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1076</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1077</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1078</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1079</TD><TD>     * Returns a list of items that are contained by the given barcode</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1080</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1081</TD><TD>     *          The barcode of the specimen to get the contents of</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1082</TD><TD>     * @return A List of Items that are related to the barcode</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="10">1083</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1084</TD><TD>     *          If there is a database error</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1085</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1086</TD><TD>    private List&lt;Item&gt; getContents(String id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1087</TD><TD>        String getContents = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM contains c &#34;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1088</TD><TD>                + &#34;WHERE c.barcode = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1089</TD><TD>        ResultSet contRec;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1090</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getContents);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1091</TD><TD>        ps.setString(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1092</TD><TD>        contRec = ps.executeQuery();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1093</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1094</TD><TD>        List&lt;Item&gt; contents = new ArrayList&lt;Item&gt;();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1095</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1096</TD><TD>        while (contRec.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1097</TD><TD>            if (!contRec.getString(&#34;barcode&#34;).equals(id))</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1098</TD><TD>                throw new SQLException(&#34;Multiple Specimens retrieved&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1099</TD><TD>            contents.add(getItem(contRec.getInt(&#34;item_id&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1100</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1101</TD><TD>        return contents;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1102</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1103</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1104</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1105</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1106</TD><TD>     * Gets the Status where status_id = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1107</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1108</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1109</TD><TD>     *            The unique id of a certain Status</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1110</TD><TD>     * @return The ClientSite with client_id as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="e">1111</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1112</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1113</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1114</TD><TD>    private Status getStatus(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1115</TD><TD>        String getStatus = &#34;SELECT * FROM status WHERE status_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1116</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1117</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getStatus);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1118</TD><TD>        ps.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1119</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1120</TD><TD>        Status stat = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1121</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1122</TD><TD>            stat = new Status(record.getInt(&#34;status_id&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1123</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), record.getString(&#34;description&#34;));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1124</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1125</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1126</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1127</TD><TD>        return stat;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1128</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1129</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1130</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1131</TD><TD>     * Gets the User where username = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1132</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1133</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1134</TD><TD>     *            The unique id of a certain User</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1135</TD><TD>     * @return The User with username as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="15">1136</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1137</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1138</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1139</TD><TD>    private User getUser(String id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1140</TD><TD>        String getUser = &#34;SELECT * FROM users WHERE username = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1141</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1142</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getUser);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1143</TD><TD>        ps.setString(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1144</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1145</TD><TD>        User u = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1146</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1147</TD><TD>            u = new User(record.getString(&#34;username&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1148</TD><TD>                    .getString(&#34;password&#34;), record.getString(&#34;fname&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1149</TD><TD>                    .getString(&#34;lname&#34;),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1150</TD><TD>                    getClientSite(record.getInt(&#34;site_id&#34;)), getUserType(record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1151</TD><TD>                            .getInt(&#34;type_id&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1152</TD><TD>        }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1153</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1154</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1155</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1156</TD><TD>        return u;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1157</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1158</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1159</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1160</TD><TD>     * Gets the UserType where type_id = id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1161</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1162</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1163</TD><TD>     *            The unique id of a certain UserType</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1164</TD><TD>     * @return The UserType with type_id as id</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="f">1165</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1166</TD><TD>     *            If a database error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1167</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1168</TD><TD>    private UserType getUserType(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1169</TD><TD>        String getUT = &#34;SELECT * FROM user_type WHERE type_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1170</TD><TD>        ResultSet record;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1171</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(getUT);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1172</TD><TD>        ps.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1173</TD><TD>        record = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1174</TD><TD>        UserType ut = null;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1175</TD><TD>        if (record.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1176</TD><TD>            ut = new UserType(record.getInt(&#34;type_id&#34;), record</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1177</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), record.getString(&#34;description&#34;));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1178</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1179</TD><TD>        if (record.next())</TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1180</TD><TD>            throw new SQLException(&#34;Too many records with same ID!&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1181</TD><TD>        return ut;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1182</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1183</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1184</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1185</TD><TD>    // GetAll Methods //</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1186</TD><TD>    // //////////////////</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1187</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1188</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1189</TD><TD>     * Returns a List of all the ClientSites stored in the database.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1190</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1191</TD><TD>     * @return a List containing all ClientSites of the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1192</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="27">1193</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1194</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1195</TD><TD>    private List&lt;ClientSite&gt; getAllClientSitesHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1196</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1197</TD><TD>        List&lt;ClientSite&gt; list = new ArrayList&lt;ClientSite&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1198</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM client_site;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1199</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1200</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1201</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1202</TD><TD>            list.add(new ClientSite(rs.getInt(&#34;client_id&#34;), rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1203</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), getHospital(rs.getInt(&#34;hospital_id&#34;)),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1204</TD><TD>                    Arrays.asList((String[]) rs.getArray(&#34;instructions&#34;)</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1205</TD><TD>                            .getArray()), rs.getString(&#34;phone_number&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1206</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1207</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1208</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1209</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1210</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1211</TD><TD>     * Queries the database and returns all Couriers held in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1212</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1213</TD><TD>     * @return a List of all the Couriers</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1214</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="29">1215</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1216</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1217</TD><TD>    private List&lt;Courier&gt; getAllCouriersHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1218</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1219</TD><TD>        List&lt;Courier&gt; list = new ArrayList&lt;Courier&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1220</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM courier;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1221</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1222</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1223</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1224</TD><TD>            List&lt;ClientSite&gt; temp = new ArrayList&lt;ClientSite&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1225</TD><TD>            Integer[] array = (Integer[]) rs.getArray(&#34;route&#34;).getArray();</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1226</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1227</TD><TD>            for (int cid : array) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1228</TD><TD>                temp.add(getClientSite(cid));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1229</TD><TD>            }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1230</TD><TD>            list.add(new Courier(getUser(rs.getString(&#34;username&#34;)), temp, rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1231</TD><TD>                    .getDouble(&#34;lat_loc&#34;), rs.getDouble(&#34;long_loc&#34;),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1232</TD><TD>                    getClientSite(rs.getInt(&#34;next_destination&#34;))));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1233</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1234</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1235</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1236</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1237</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1238</TD><TD>     * Queries the database and returns all Hospitals in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1239</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1240</TD><TD>     * @return a List of all Hospitals</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1241</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="2b">1242</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1243</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1244</TD><TD>    private List&lt;Hospital&gt; getAllHospitalsHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1245</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1246</TD><TD>        List&lt;Hospital&gt; list = new ArrayList&lt;Hospital&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1247</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM hospital;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1248</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1249</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1250</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1251</TD><TD>            list.add(new Hospital(rs.getInt(&#34;hospital_id&#34;), rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1252</TD><TD>                    .getString(&#34;name&#34;), rs.getString(&#34;address&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1253</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1254</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1255</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1256</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1257</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1258</TD><TD>     * Queries the database and returns all Items held in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1259</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1260</TD><TD>     * @return a List of all Items</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1261</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="2d">1262</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1263</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1264</TD><TD>    private List&lt;Item&gt; getAllItemsHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1265</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1266</TD><TD>        List&lt;Item&gt; list = new ArrayList&lt;Item&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1267</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM item;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1268</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1269</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1270</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1271</TD><TD>            list.add(new Item(rs.getInt(&#34;item_id&#34;), rs.getString(&#34;name&#34;), rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1272</TD><TD>                    .getString(&#34;cap_color&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1273</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1274</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1275</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1276</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1277</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1278</TD><TD>     * Queries the database and returns all ShippingInformation held in the</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1279</TD><TD>     * shipping_info table</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1280</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1281</TD><TD>     * @return a List of all ShippingInformations</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1282</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1283</TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="2f">1284</A></TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1285</TD><TD>    private List&lt;ShippingInformation&gt; getAllShippingInformationHelper()</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1286</TD><TD>            throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1287</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1288</TD><TD>        List&lt;ShippingInformation&gt; list = new ArrayList&lt;ShippingInformation&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1289</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM shipping_info si;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1290</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1291</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1292</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1293</TD><TD>            list.add(new ShippingInformation(getSpecimen(rs.getString(&#34;barcode&#34;)),</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1294</TD><TD>                    getUser(rs.getString(&#34;shipper&#34;)), getClientSite(rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1295</TD><TD>                            .getInt(&#34;destination_id&#34;)), getStatus(rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1296</TD><TD>                            .getInt(&#34;status_id&#34;)), getCourier(rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1297</TD><TD>                            .getString(&#34;courier_id&#34;))));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1298</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1299</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1300</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1301</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1302</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD 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CLASS="l">1314</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1315</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1316</TD><TD>            String barcode = rs.getString(&#34;barcode&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1317</TD><TD>            String description = rs.getString(&#34;description&#34;);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1318</TD><TD>            String requirements = rs.getString(&#34;requirements&#34;);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1319</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1320</TD><TD>            List&lt;Item&gt; contents = getContents(barcode);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1321</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1322</TD><TD>            list.add(new Specimen(barcode, description, requirements,</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1323</TD><TD>                    Collections.unmodifiableList(contents)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1324</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1325</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1326</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1327</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1328</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1329</TD><TD>     * Queries the database and returns all the Statuses available for a</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1330</TD><TD>     * specimen</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1331</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1332</TD><TD>     * @return a List of Statuses</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1333</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1334</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="33">1335</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1336</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1337</TD><TD>    private List&lt;Status&gt; getAllStatusesHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1338</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1339</TD><TD>        List&lt;Status&gt; list = new ArrayList&lt;Status&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1340</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM status;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1341</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1342</TD><TD>        ResultSet rs = ps.executeQuery();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1343</TD><TD>        while (rs.next()) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1344</TD><TD>            list.add(new Status(rs.getInt(&#34;status_id&#34;), rs.getString(&#34;name&#34;), rs</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1345</TD><TD>                    .getString(&#34;description&#34;)));</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1346</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1347</TD><TD>        return list;</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1348</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1349</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1350</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1351</TD><TD>     * Queries the database and returns all the Users of the system</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1352</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1353</TD><TD>     * @ return a List of Users</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1354</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1355</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="37">1356</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1357</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1358</TD><TD>    private List&lt;User&gt; getAllUsersHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1359</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1360</TD><TD>        List&lt;User&gt; list = new ArrayList&lt;User&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1361</TD><TD>        String query = &#34;SELECT * &#34; + &#34;FROM users;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD 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CLASS="l">1373</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1374</TD><TD>     * Queries the database and returns all the UserTypes available to Users of</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1375</TD><TD>     * the system.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1376</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1377</TD><TD>     * @return a List of all UserTypes</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1378</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1379</TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="35">1380</A></TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1381</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1382</TD><TD>    private List&lt;UserType&gt; getAllUserTypesHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1383</TD><TD> </TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1384</TD><TD>        List&lt;UserType&gt; list = new ArrayList&lt;UserType&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD 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CLASS="l">1396</TD><TD>     * Queries the database and returns all the ShippingInformation where the</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1397</TD><TD>     * status is not &#34;Arrived&#34; in the system. the system.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1398</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1399</TD><TD>     * @return a List of all UserTypes</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1400</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="3e">1401</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1402</TD><TD>     *             if a database access error occurs</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1403</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1404</TD><TD>    private List&lt;ShippingInformation&gt; getNotArrivedHelper() throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1405</TD><TD>        List&lt;ShippingInformation&gt; list = new ArrayList&lt;ShippingInformation&gt;();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD 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NAME="3">1445</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1446</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1447</TD><TD>    private void removeHospital(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1448</TD><TD>        </TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1449</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1450</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1451</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1452</TD><TD>     * Removes the given Item from the database and any associations to it.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1453</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1454</TD><TD>     * @param i</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1455</TD><TD>     *            the Item to be removed from the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="4b">1456</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1457</TD><TD>     *             if an error occurs in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1458</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1459</TD><TD>    private void removeItem(int id) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1460</TD><TD>        String updateItem = &#34;DELETE FROM item &#34; + &#34;WHERE item_id = ?;&#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1461</TD><TD>        PreparedStatement itemPS = dbConn.prepareStatement(updateItem);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1462</TD><TD>        itemPS.setInt(1, id);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1463</TD><TD>        itemPS.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1464</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1465</TD><TD>    </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1466</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1467</TD><TD>     *  //TODO</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1468</TD><TD>     * @param barcode</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="5">1469</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1470</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1471</TD><TD>    private void removeShippingInformation(String barcode) throws SQLException {</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1472</TD><TD>        </TD></TR><TR CLASS="z"><TD CLASS="l">1473</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1474</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1475</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1476</TD><TD>     * Removes the given Specimen from the database and any associations to it.</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1477</TD><TD>     * </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1478</TD><TD>     * @param barcode</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1479</TD><TD>     *            the barcode of the Specimen to be removed from the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l"><A NAME="4c">1480</A></TD><TD>     * @throws SQLException</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1481</TD><TD>     *             if an error occurs in the database</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1482</TD><TD>     */</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1483</TD><TD>    private void removeSpecimen(String barcode) throws SQLException {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1484</TD><TD>        Specimen spec = getSpecimen(barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1485</TD><TD>        String query = &#34;DELETE FROM specimen &#34; + &#34;WHERE barcode = ? &#34;;</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1486</TD><TD>        PreparedStatement ps = dbConn.prepareStatement(query);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1487</TD><TD>        ps.setString(1, barcode);</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1488</TD><TD>        for (Item i : spec.contents) {</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1489</TD><TD>            removeItem(i.item_id);</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1490</TD><TD>        }</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1491</TD><TD>        ps.executeUpdate();</TD></TR><TR CLASS="c"><TD CLASS="l">1492</TD><TD>    }</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1493</TD><TD> </TD></TR><TR><TD CLASS="l">1494</TD><TD>    /**</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1495</TD><TD>     *  //TODO</TD></TR><TR><TD CLASS="l">1496</TD><TD>     * @param id</TD></TR><TR><TD 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